Desde la iglesia accedemos a la Sacristía, de considerables dimensiones aunque carente de gran valor artístico. Tanto la cajonería como los retablos son del siglo XVIII. Junto a diversos objetos litúrgicos y porta-reliquias (al parecer el monasterio tuvo durante en tiempo un trozo del lignum crucis, traído de monasterio dependiente de Santo Toribio de Liébana), lo más valioso del lugar son los dos elementos que ocupan el espacio central.
Por una parte tenemos el sepulcro del obispo López de Mendoza, formado en el monasterio y auxiliar del abad Pedro González Manso. El sepulcro, un maravilloso trabajo en alabastro en donde quedan reflejados hasta los más nimios detalles, estaba anteriormente en la propia iglesia, en una humilde hornacina. El sepulcro aparece acompañado de una indicación de la fecha de su construcción, 1569.
Por otro lado encontramos una urna con la capa mortuoria que envolvía el cuerpo del conde Don Sancho, obra califal hacia 970, encontrada hace apenas unas décadas. En la tela se puede ver el retrato del primer califa omeya oriental, Muawiya. En esta aljuba está escrito el principio del Corán, formando parte de una cenefa. Se sugiere que el traje fue conseguido por Fernán González, abuelo de Sancho, en combate con los musulmanes, aunque no puede descartarse que se trate de un encargo a un taller andalusí (llama la atención la figura repetida de un ave sobre un caballo, lo que podría ser una referencia a la leyenda sobre la independencia del condado de Castilla).
Tras atravesar una estrecha sala que ejerció como primitiva sacristía pasamos a una capilla desprovista de ornamentación que fue la antigua sala capitular. Desperdigados por la misma aparecen diversos restos entre los que destacan el frontal románico del antiguo refectorio y unas aras romanas en las que aparece el nombre de VUROVIO, deidad prerromana que parece dar origen al nombre de la Bureba. Destaca también el casquete esférico de la bóveda.
A través de la sala capitular se accede al claustro, construido a partir del siglo XVI tras demoler el anterior románico (que pena). El arquitecto parece ser Simón de Colonia, que por entonces trabajaba en Burgos. Está planeado para ser similar al de la Catedral, imitando sobre todo la distribución de los grupos angulares, que representan la anunciación, el nacimiento, la Adoración de los Magos y la Presentación del niño en el templo.
Destaca este claustro por la amplitud de los ventanales, la esbeltez de los ajimeces y la complicada tracería, aunque tal vez ofrece una impresión un tanto monótona y poco centrada en el detalle, que queda para la escultura funeraria. Originalmente el claustro terminaba en una balaustrada calada sembrada de gárgolas, que fue derribada al construir el claustro alto, pero sí se conservan los bellos pináculos.
Además del trabajo de los distintos arcos y ángulos, contribuye a realzar la belleza del claustro la serie de hornacinas gótico-flamígeras que ocupan el ala norte, y que acogen los enterramientos de Condes de la Bureba de los siglos XI y XII (por ello a este claustro se le conoce también como Claustro de los Caballeros) y la interesante puerta renacentista que conectaba con el primitivo crucero de la iglesia, conocida como puerta de las procesiones. Este último lugar, utilizado en el pasado para estos fines, se halla obstruida por el altar del Rosario. Es la mejor portada gótica del monasterio. Decorada con un festón lobulado y varias guirnaldas de decoración variada y fantástica, la puerta propiamente dicha recuerda en su decoración de las sillas del coro.
En cuanto a los sepulcros de los condes de la Bureba, cabe decir que muchos de ellos contribuyeron en los hechos de la reconquista, estando enterrados en este claustro los primeros y principales de la saga. Podemos destacar el caso de Gonzalo Salvadores, conocido como cuatro manos por su fortaleza. Las crónicas castellanas hablan de una traición que el rey moro de Zaragoza trató de fraguar contra Alfonso VI. El alcalde de Rueda, cerca de Zaragoza, junto al rió Jalón, simuló una rebelión contra el rey moro y llamó en su apoyo al rey castellano. No obstante el rey no se fió y envió a representantes, incluidos Gonzalo y Nuño Salvadores, quedando él a la espera en el campamento cristiano. Intentó el rey moro convencer al rey que viniese en persona y al no conseguirlo apedrearon a los delegados desde las almenas. La fecha pudo ser hacia 1083.
Su hijo, Don Gómez, también está enterrado en este claustro. Fue paje de lanza del rey Fernando I. Se distinguió por su valentía en la batalla de Salatrices, en 1106, en que fue derrotado Alfonso VI. Salvó al rey herido en una pierna, junto con su primo Pedro González de Lara, peleando contra los moros durante 24 horas seguidas hasta poder refugiarse en Coria. También intervino en la batalla de los Siete Condes, cerca de Uclés, y poco después entro en Córboba y Sevilla. Parece que tuvo relaciones amorosas con la viuda la reina doña Urraca, y pretendió casarse con ella cuando quedó viuda, lo mismo que su primo antes citado. Casó la viuda no obstante con el rey Alfonso I el Batallador de Aragón, con quien al poco se enemistó regresando a Castilla. Vino con su ejército el aragonés a Castilla a reclamar sus derechos de rey consorte, haciéndole frente los dos primos. Pero Pedro huyó dejando a Gomez solo ante el combate, siendo derrotado y muerto en la batalla que se desarrolló cerca de Sepúlveda. Esta batalla tuvo lugar en 1110 o 1117.
Entre la saga de los Salvadores, orígenes de familias posteriores como los Rojas, los Lara o los Sarmiento, encontramos dos enterramientos que, de acuerdo con los epitafios, corresponden al camarero y al mayordomo del conde fundador del monasterio, y un mausoleo renacentista que rompe con la estética del resto de enterramientos, y que acoge los restos del que fuera obispo de Guadix, Osma, Badajoz y Tuy: Pedro González Manso. Es probable que esté fabricado por la misma mano que la de su obispo auxiliar López de Mendoza, que ya visitamos en la sacristía, aunque los soldados acuartelados durante la guerra carlista lo desfiguraron en buena medida.. Nació o al menos se crió en Oña y fue gran devoto de San Iñigo y bienhechor de este monasterio. La reja que se encuentra en su parte interior le separaba en la antigüedad directamente de la iglesia, y es uno de los pocos ejemplos de rejas románicas que se pueden encontrar en Castilla. Murió en 1538 o 1539.
Los epitafios que figuran en los enterramientos de estos señores, junto con los de condes y reyes en la iglesia, nos dan pistas sobre el nivel literario de los monjes; que al parecer extraían y adaptaban estas citas de los libros existentes en la biblioteca, algunos de ellos clásicos latinos. He aquí, por ejemplo, el de Gonzalo Salvadores:
“No está aquí el engañoso y soberbio Ulises, sino los dos Escipiones, dos rayos de la guerra, los hermanos Gonzalo Cuatromanos y Nuño, que están en las moradas del cielo, a quienes mató la diestra del moro”.
