En el siglo XIX el monasterio
(como muchos otros) ya ha entrado en su declive. Aún le dio tiempo para ser
sede de conciliábulos durante la guerra de la independencia (en los cuales
participó el cura Merino). Es precisamente en este momento cuando se produce un
primer saqueo por parte de las tropas francesas, desapareciendo muchas obras de
arte (de los 900 pergaminos que había en su biblioteca, sólo se conservan unos 100).
Años después empieza el proceso
desamortizador. En 1841, los restos del conde Fernán González, junto con los de
su esposa, son trasladados a la colegiata de Covarrubias (junto con algunas
piezas de orfebrería), lugar en donde ahora reposan. En 1843 salen a la venta
las propiedades del monasterio tasadas en 445000 reales, quedando desierta la
subasta. Se produjo una segunda tasación por un valor inferior a la tercera
parte de la original, siendo adquiridas finalmente las propiedades por un
particular, don Santos Cecilia. De la adjudicación definitiva se excluyeron la
iglesia, el coro y el claustro procesional. Precisamente son estas partes las
que, sin ningún tipo de mantenimiento ni protección, se encuentran hoy en día
más arruinadas.
